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同社が開発したアプリケーション
イラストレーターもフォトショップという画像加工ソフトも、同じアドビ社が開発したソフトなので、互換性がある...というよりも、それぞれのアプリケーションで得意分野によって作業を分けている方が多いようです。
例えば、可能ではあるものの、フォトショップで文字入力をするにはナンセンスだし、逆にイラストレーターで画像を加工するのも適してはいないわけですからね。
ですので、イラストレーター上で作成した文字や図形をフォトショップに貼りつけて画像を作成する。逆にフォトショップ上で作成した画像をイラストレーター上に配置してレイアウトを組む...という使い方が一般的なようです。
重なり合う図形を透明化することで、表現力も多彩に...。
塗りの透明化はとても有効な表現方法で、旧バージョンのイラストレーターにはなかった機能です。

例えば、レイヤー機能に透明度の設定があるように、描画したオブジェクトも同様に透明度が設定できます。
レイヤー1にシアン100%の図形を、レイヤー2にはグレーの図形を配置してみます。
そこで、レイヤー2のグレーの図形に透明度の設定をするとこのようになります。

レイヤーを利用して描画をスムーズにする
レイヤー機能は複数描画した図形を管理しやすい機能ですが、実はレイヤー1つ1つにも属性を持たせることが可能です。

レイヤーを区別しやすくするための「色」を選択したり、表示するかプリントするかなどの属性を持たせることが可能です。
ちなみにレイヤー上をダブルクリックすることでこれらの画面を開くことが出来ます。
「プリント」のチェックを外すと、画面上では表示されていますが、プリンタなどに出力した時にはプリントされなくなります。